In de praktijk constateert de IND dat het betalen van het juiste salaris, eventueel onder toekenning van de 30%-regeling, regelmatig aanleiding geeft tot vragen. Ook de aan- en afmelding van kennismigranten bij indiensttreding bij een nieuwe werkgever of bij vertrek uit Nederland is niet altijd op orde.
Daarnaast heeft het raadplegen van het Suwinet, waarin gegevens over de betaling van belastingen en sociale verzekeringen staan, regelmatig discussies met de Inspectie SZW en de IND opgeleverd. In een aantal gevallen waren geen sociale verzekeringspremies afgedragen. Aangezien de desbetreffende situaties terug te voeren waren op buitenlandse detacheringen, waarbij organisaties gebruik maakten van sociale zekerheidsverdragen en detacheringsbewijzen, was premiebetaling in Nederland niet aan de orde.
AWVN is van mening dat de verplichtingen die zijn afgesproken bij het gebruik van de kennismigrantenregeling moeten worden nageleefd. Wel zou bij constatering van eventuele omissies, bijvoorbeeld wanneer sprake is van administratieve verzuimen, bezien moeten worden of de gehanteerde procedures adequaat zijn. Het is dan niet wenselijk om meteen over te gaan tot het opleggen van boetes. Bedrijven doen er goed aan een controleprotocol op te stellen waarin is vastgelegd welke persoon verantwoordelijk is voor het te woord staan van de IND of de Inspectie SZW.